这里对矿物元素和重金属污染、以及废水中微生物造成的污染作了进一步的分析，废水中的污染物浓度的高低决定了对养殖废水处理工艺的选择，同时，废水的进水水质与周边居民的生活水平、生活用水量、工业用水量以及处理后出水受纳水体的水域功能有关，因此要准确预测废水的进水水质。
1、 矿物元素和重金属污染
大部分人们都知道在我们食用的动物当中几乎全部都是通过饲料养殖的，一方面，在养殖饲料中大量添加的无机磷约75%为植酸磷，由于植酸磷不能被动物吸收利用而直接排出体外，引起污染。另一方面，各饲料厂和养殖场均普遍采用高铜、高铁、高锌等微量元素添加剂，由于这些金属元素的吸收率和再生废水深度回用利用率都很低易随粪便排出体外进入环境，已成为我国的一大环境公害。
2、残留兽药的污染
饲养的动物在长成可以食用的肉食动物过程中可能会突发一些疾病，为了防止动物生病，常在饲料中添加抗菌素和其他药物，这些药物随饲料进入动物消化道后，短时间内进入动物血液循环，最终绝大多数的药物经肾脏过滤随尿液排出体外，只有极少部分的药物和抗菌素残留在动物体内。大量研究表明，大多数饲料用抗菌素都有残留，只是残留量大小不同。随着科技水平的不断提高，人们发现抗生素作为饲料添加剂使用，对养殖环境已造成了严重的负面后果。首先，使养殖体内的耐药病原菌或变异病原菌不断产生并不断向环境中排放;其次，养殖场生猪不断向环境中排泄这些抗生素或其代谢产物，使环境中的耐药病原菌与变异病原菌不断产生。这两者反过来又刺激生产者增加用药剂量、更新药物品种，这就造成了“药物污染环境→耐药或变异病原菌产生→加大用药剂量→环境被进一步污染”的恶性循环。另外，养殖产品中药物残留进入环境后，可能转化为环境激素或环境激素的前体物，从而直接破坏生态平衡并威胁人类的身体健康。
3、微生物污染
养殖体内的微生物主要是通过消化道排出体外，通过养殖场废物的排放进入环境从而造成严重的微生物污染。如果对这些粪污不进行无害化污水一级强化处理，大量的有害病菌一旦进入环境，不仅会直接威胁养殖自身的生存，还会严重危害人体健康。
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